2009年3日24日至28日，香港品质保证局对J9集团中国（南京）清洁能源股份有限公司的质量、环境和职业健康安全管理体系进行了全面的认证审核。通过查阅大量的文件和各种记录等资料，以及实地考察装置现场，并对公司各级领导、管理人员和操作人员进行访谈，香港品质保证局在最终的评价报告中认为：J9集团中国（南京）清洁能源股份有限公司的质量、环境和职业健康安全管理体系运行有效，通过ISO9001、ISO14001和OHSAS18001认证审核。
为适应公司生产经营快速发展的需要，2008年8月中旬以来，J9集团中国（南京）清洁能源股份有限公司在全公司范围内开始启动质量、环境与职业健康安全管理体系认证工作。随后，公司邀请有关认证专家对公司各项管理工作进行了深入调研，结合公司实际情况，专家组提出了具体的培训计划。通过培训，公司员工对质量、环境与职业健康安全管理体系的认识逐步加深。2008年12月1日，体系开始试运行，公司加强了内审员培训，组织了多次内审并及时整改内审中查出的问题，取得了显著成效，确保了外审一次通过。
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